Эндрюс родился в Темплтоне, штат Массачусетс, 22 марта 1812 года. Он был младшим из восьми детей преподобного Елисея Эндрюса и его жены Энн Латроп. Он вырос в тридцати пяти милях к северо-востоку в Хинсдейле, штат Нью-Гемпшир.
Эндрюс приехал в Луизиану в возрасте 19 лет, где изучал и занимался юридической практикой. Потрясенный рабством, он стал
аболиционистом. Он был первым советником миссис
Майры Кларк Гейнс в ее знаменитых судебных делах.
Переехав в Техас в 1839 году, Эндрюс и его семья были почти убиты из-за его лекций об аболиционизме, и ему пришлось бежать в 1843 году. Эндрюс отправился в Англию, где ему не удалось собрать средства для движения аболиционистов в Соединенных Штатах. Находясь в Англии, Эндрюс заинтересовался новой системой стенографии Исаака Питмана, и по возвращении в Соединенные Штаты он учил и писал о системе стенографии и разработал популярную систему фонографических отчетов. Чтобы продвинуться в этом, он опубликовал серию учебников и отредактировал два журнала: «Англосаксонец» и «Пропагандист».
Эндрюс разработал «научный» язык, который он назвал Алвато, на котором он имел обыкновение общаться и переписываться с учениками. Во время его смерти Эндрюс составлял словарь Алвато, который был опубликован посмертно. Выдающийся лингвист, он также заинтересовался фонетикой и изучением иностранных языков, в конечном итоге изучая языки «не менее 32».
К концу 1840-х годов он начал концентрировать свою энергию на утопических общинах. Один анархист-индивидуалист Джозия Уоррен был ответственен за привлечение Эндрю в радикальный индивидуализм, и в 1851 году они основали «Утопическую коммуну современного времени» в Брентвуде, Нью-Йорк. Он был избран ассоциированным членом Американской академии искусств и наук в 1846 году.
К 1860-м годам он выдвигал идеальное общество, называемое пантархией, которое представляет собой общество с добровольным правительством, тесно связанным с Новой католической церковью, и от этого он перешел к философии, которую он назвал универсологией, которая подчеркивала единство всех знаний и видов деятельности. Он также был одним из первых американцев, открывших Карла Маркса, и первым, кто опубликовал свой «Коммунистический манифест» в Соединенных Штатах.
Эндрюс был одним из первых, кто использовал слово саентология. Это слово определено как неологизм в его книге 1871 года «Основной краткий обзор универсологии и Алвато: новый научный универсальный язык».
В 1870-х годах Эндрюс продвигал психометрию Джозефа Родеса Бьюкенена, помимо своей собственной универсологии, предсказывая, что априорно полученное знание заменит эмпирическую науку как точную науку.